В 2004—2008 гг. Евгений Прохоров работал генеральным директором ЗАО «Связной-КЗН», а в 2009—2011 гг. — директором департамента стратегического планирования розничной сети МТС.

В период с 2011 по 2015 г. занимал должность директора компании enter, в 2015—2016 гг. — заместителя генерального директора по операционному управлению компании wikimart, в 2016—2017 гг. — генерального директора компании «СП-Кэпитал».